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Strittiger Grenzverlauf
Eine besondere Herausforderung bei der Bewirtschaftungsplanung innerhalb der FGE Ems bildet der strittige Grenzverlauf zwischen Deutschland und den Niederlanden im Bereich der Emsmündung.
Seit dem Ende des Mittelalters stellt die Emsmündung einschließlich des Dollarts die Grenze zwischen Ostfriesland und Groningen dar. Der Verlauf der Staatsgrenze wurde allerdings bisher nur für den Bereich des Dollarts festgelegt (Vertrag von Meppen zwischen den Niederlanden und dem Königreich Hannover, 1824). Seewärts des Dollarts ist niemals eine völkerrechtlich verbindliche Grenze festgelegt worden. Nach deutscher Rechtsauffassung ist die Ems gemäß einem Lehnsbrief von Kaiser Ferdinand I. aus dem Jahr 1558 ein Teil der Grafschaft Ostfriesland, folglich liegt die Grenze auf der Niedrigwasserlinie der niederländischen Flussseite. Die Niederlande hingegen gehen von einer Mittellinienkonstruktion aus.
Am 8. April 1960 wurde ein „Vertrag zwischen der Bundesrepublik Deutschland und dem Königreich der Niederlande über den Verlauf der gemeinsamen Landesgrenze [...] und andere Grenzfragen“ (Grenzvertrag) geschlossen.
Zur praktischen Umsetzung wurde eine ständige Deutsch-Niederländische Grenzgewässerkommission mit 7 Unterausschüssen (A bis G) eingerichtet. Der Grenzverlauf in der Emsmündung wurde in dem Grenzvertrag allerdings nicht geregelt. Beide Staaten behielten sich ihren Rechtsstandpunkt ausdrücklich vor. Deshalb wurde zeitgleich mit dem Grenzvertrag der Ems-Dollart-Vertrag unterzeichnet, in dem praktische Regelungen für die Zusammenarbeit trotz unterschiedlicher Grenzauffassung getroffen wurden.
Auch seewärts des bis zur 3 Seemeilen-Linie reichenden Ems-Dollart-Vertragsgebietes ist der Verlauf der Grenze bis zur 12 Seemeilen-Linie zwischen beiden Staaten umstritten.
Zur praktischen Regelung von Aufgaben nach dem Ems-Dollart-Vertrag ist eine ständige Emskommission eingesetzt worden, die im Wesentlichen aus Mitgliedern der beiderseitigen Wasserbauverwaltungen besteht. Sie berät unter anderem über Fragen des Wasserbaus, der Seezeichen und der Strompolizei. Da im Ems-Dollart-Vertrag von 1960 bzw. im Zusatzvertrag von 1962 Fragen des Gewässer- und Naturschutzes nicht geregelt sind, wurde am 22. August 1996 ein ergänzendes Protokoll zum Ems-Dollart-Vertrag zur Regelung der Zusammenarbeit zum Gewässer- und Naturschutz in der Emsmündung unterzeichnet (Ems-Dollart-Umweltprotokoll). Nach Artikel 2 des Umweltprotokolls wurden die Aufgaben dem Unterausschuss "G" der Ständigen Deutsch-Niederländischen Grenzgewässerkommission zugewiesen. Hierzu gehören in den letzten Jahren auch vermehrt Aufgaben im Zusammenhang mit Naturschutzfragen, der Umsetzung der WRRL und der HWRM-RL.